Le mot sesshin est composé de deux idéogrammes chinois dont la signification est multiple. Le premier d’entre eux est setsu (littéralement « relier ensemble »), qui signifie « unification », mais aussi « réception », « toucher » et « continuation ». L’autre idéogramme, shin (littéralement « esprit »), se réfère à la perception de l’esprit sous ses différents aspects, individuels et universels. On peut donc dire que le sesshin est l’occasion d’unir ces deux : l’esprit universel (appelé le grand esprit, souvent expliqué métaphoriquement par analogie avec, par exemple, Dieu, le Bouddha, l’univers, etc.) avec l’esprit « ordinaire » du pratiquant (le petit esprit, composé de pensées, de sensations, d’émotions et de divers conditionnements personnels).

Pendant le zazen, qui est la base du sesshin, un processus d’effacement de leur séparation et de compréhension de l’irréalité du dualisme apparent qui en résulte se produit. Avec la poursuite de la pratique, la conscience de l’individu s’accroît et ses actions s’accordent avec le rythme de toutes choses, ce qui conduit à une harmonisation naturelle avec la réalité telle qu’elle est. L’idéogramme setsu signifie également « connaître », « réguler » et « contrôler » – et c’est précisément à cela que sert la pratique du sesshin. Le programme des activités pendant un sesshin n’est pas aléatoire, et toutes les activités qui y sont prévues visent à « accorder » l’esprit du pratiquant à la réalité existante, tant extérieure que sa propre réalité mentale.