Zazen (dosłownie po japońsku «siedzenie w zen») jest często nazywane medytacją, chociaż w rzeczywistości ma niewiele wspólnego z innymi formami medytacji, ponieważ praktyka ta nie zawiera elementu pytania, nad którym należałoby medytować. W Indiach praktyka ta nazywana była dhyana, co oznacza «medytację bez przedmiotu». Jest to uważna obecność «w tym, co jest, takim, jakim jest», czyli bezpośrednie doświadczanie zewnętrznych i wewnętrznych warunków ciała i umysłu jednostki, bez konceptualizacji i porównywania z przeszłymi doświadczeniami.
Kiedy już usiądziemy w pozycji wyprostowanej i skupimy się na regularnym oddychaniu, umysł łączy się z ciałem, przestaje «wędrować» po procesach myślowych, dzięki czemu mechanizmy «dualności» zanikają, a wewnętrzny dialog traci na sile. Nawyki, stereotypy, uprzedzenia, habitus i inne utrwalone konstrukcje umysłowe tracą swoje znaczenie. Zazen nie jest próbą zniszczenia procesów myślowych ani dążeniem do spowolnienia funkcji życiowych, nie jest też próbą odizolowania się od rzeczywistości (podczas zazen należy na przykład mieć otwarte oczy i wyostrzone zmysły). Jest to pełne i otwarte uczestnictwo we wszystkim, co się manifestuje. Nie można tego zrozumieć za pomocą opisów, definicji lub obrazów. Nie da się jednoznacznie zdefiniować, czym jest zazen, ponieważ jest to doświadczenie intymne, głęboko osobiste, a zatem niepowtarzalne.
Istnieje kilka wariantów pozycji zazen, które są dostosowane do indywidualnych możliwości praktykującego. Początkującym zaleca się skupienie się na pozycji, oddychaniu i nieprzywiązywaniu się do pozornej rzeczywistości myśli. Podobnie jak aby naprawdę poznać smak jabłka, trzeba po prostu je spróbować, tak samo aby doświadczyć zazen, trzeba po prostu usiąść w pozycji zazen.